手動でスレッドの繋ぎなおしができます。サマリで該当するメッセージにカーソ ルを合わせて M-w (wl-summary-save-current-message) し、新し い親メッセージのところで C-y (wl-summary-yank-saved-message)を実行してください。
wl-summary-save-current-message
wl-summary-yank-saved-message